Постоянная экспозиция музея открылась 11 сентября 1993 года. Идея создания музея была реализована А. А. Панченко, который и стал его первым директором.

Коллекция музея рассказывает об истории территории, на которой сегодня располагается Багратионовский район, уделяя особое внимание ее самым ярким периодам и событиям: покорению прусских земель рыцарями Немецкого ордена и возникновению первых городов, сражению при Прейсиш-Эйлау 1807 года и военным страницам первой мировой войны, боям в Хайльсбергском укрепрайоне в 1945 году и созданию Багратионовского района Калининградской области.

Общая экспозиционная и выставочная площадь музея более 200 м2. Постоянная экспозиция располагается в четырёх залах и рассказывает об основных этапах истории Багратионовского района. В отдельных выставочных залах регулярно проходят выставки калининградских и зарубежных художников и мастеров прикладного искусства.

Основной фонд музея насчитывает более 5 000 единиц хранения. Среди них много интересных и уникальных: например, монетный клад XVII века из замка Прейсиш-Эйлау, коллекция авторской военно-исторической миниатюры, находки с поля сражения при Прейсиш-Эйлау, награды России, Пруссии и Франции начала XIX века, коллекция гравюр с изображением событий эпохи Наполеоновских войн и другие.

В конференц-зале музея проходят международные научные конференции, посвященные событиям, произошедшим на территории Восточной Пруссии в эпоху наполеоновских войн. С 1999 по 2020 год прошло уже семнадцать конференций. Было проведено также четыре краеведческих семинара «Багратионовский район: люди и судьбы».

В этом же зале проводятся музыкальные и литературные встречи и вечера. С недавнего времени конференц-зал иногда превращается в бальную залу начала XIX века.

Музей предлагает обзорные экскурсии по экспозиции, тематические экскурсии как по постоянной экспозиции, так и по выставочным залам. Сотрудники музея обеспечивают гидовое сопровождение на обзорной экскурсии по городу Багратионовску, с посещением всех достопримечательностей.